Spiacente ma penso di non poter arrivare a conclusioni troppo filosofiche! :/
Non ho capito comunque dove vuoi andare a parare parlando di OpenSource etc., perché dovrebbero essere legate al film?
Per quanto riguarda l'attacco alla torre, se mi ci fai pensare, lo vedrei più come un hacking (tant'è che Trinity fa un vero e proprio hack su un server)... altrettanto fanno Neo e Morpheus, entrando nel palazzo.
Per quanto riguarda Morpheus come parte delle macchine... Non saprei, ma a questo punto della storia le cose in sospeso sono davvero TANTE! Bastardi a fare un film a puntate!
Baco... Se Neo ferma le macchine DENTRO matrix è come se volasse, altera la realtà simulata, e non mi sembra strano. Piuttosto alla fine le ferma FUORI (quando sono sulla navicella che viene attaccata loro sono nel mondo reale, ovvero fuori dalla realtà simulata di Matrix). Infatti questo non me lo spiego proprio!